El riesgo más importante del ejercicio físico es la lesión articular, muscular o esquelética, que aumenta con la obesidad. La limitación más frecuente que presenta el paciente obeso es la aparición de lesiones.

El ejercicio intenso aumenta el riesgo de muerte súbita de origen cardiaco o de infarto de miocardio en pacientes con enfermedad cardiovascular diagnosticada u oculta. También hay un riesgo relativo muy superior en pacientes poco activos habitualmente.  En diabéticos el ejercicio puede empeorar de forma puntual su control y aparecer hiperglucemia, hipoglucemias o cetosis.

Ciertos ejercicios especialmente de fuerza, están contraindicados si hay retinopatía diabética proliferativa, neuropatía periférica grave y cardiopatía o neuropatía autonómicas.

El obeso presenta limitaciones como intolerancia al calor, movilidad difícil o limitada, limitaciones por sobrecarga, dolor lumbar, trastornos del equilibrio y coordinación o disnea.