Las aguas del Balneario de Carratraca, aguas sulfuradas frías, tienen sus indicaciones más destacadas en las afecciones de la piel, de aparato respiratorio, y ginecológica.

Hay múltiples trabajos acreditan que la cura termal y las aplicaciones peloides pueden determinar respuestas de tipo estrogénico en el epitelio vaginal pudiendo, además, modificar favorablemente las alteraciones distróficas e inflamatorias, muy frecuentes en las mujeres menopaúsicas, así como coadyuvar en la mejoría de la osteoporosis.

Constituyen también indicaciones terapéuticas de las curas en Carratraca las afecciones respiratorias y dermatológicas crónicas, e incluso las afecciones reumáticas.

Actualmente, se mantienen como indicaciones de estas curas blanearias los eccemas crónicos y psoriasis, en particular las formas evolutivas susceptibles de regresión que pueden evolucionar favorablemente con estas curas.

De las afecciones respiratorias de evolución crónica: las bronquitis no específicas, bronconeumopatías crónicas, asma bronquial, etc, pueden beneficiarse de la cura en Carratraca. En estos procesos patológicos han sido utilizadas estas curas pero sus indicaciones son menos claras y menos precisas.

A del siglo pasado el  Dr. Salgado, director que fue de este Balneario de 1856 a 1877, establecía que el método de administración de esta agua debía estar subordinado a las condiciones del sujeto en cura, su dolencia, en estado general etc, puesto que sin atender tales circunstancias no se suelen conseguir acciones realmente favorables; es imprescindible apropiar al objeto y exigencias de cada caso, la forma y modo de administración de esta agua.

Según del Dr. Salado las aguas de Carratraca se pueden utilizar por todas las vías de administración.

Las aguas de Carratraca, como otras aguas  mineromedicinales sulfuradas, pueden ser administradas por todas las vías. La ingestión suele hacerse en dosis relativamente pequeñas y atendiendo a la tolerancia individual. De ordinario la dosis más importante se ingiere por la mañana en ayunas, pudiéndose potenciar el efecto con pequeñas tomas antes de las principales comidas.

Las aplicaciones tópicas en forma de baños, duchas y chorros son trascendentes en esta cura de aguas, bien sea en bañeras, tanque o piscina, en particular en las afecciones de piel, aparato locomotor, etc y en tales casos el chorro o la ducha permiten añadir el efecto de hidromasaje a la acción directa del agua y sus factores mineralizantes. El baño frío, a la temperatura propia de esta agua ha de ser siempre corto y atendiendo a la respuesta individual, pero si se pretenden acciones más prolongadas, la temperatura del agua deberá ser próxima a 32 y 36ºC. Los baños fríos son excitantes y los baños calientes son sedantes.

En ginecología la principal técnica de aplicación es la balneación en todas sus modalidades, baños generales y especialmente el baño de asiento, y como práctica importante las irrigaciones vaginales a presión y temperatura modulable y regulable de forma individual. También pueden ser utilizadas las duchas y aerosoles vaginales.

La inhalación de aguas sulfuradas es favorable en afecciones respiratorias, en particular en procesos bronquíticos crónicos y afecciones asmáticas, debiéndose ajustar las fragmentación del agua según sea el sector respiratorio que se pretende tratar.