Su déficit, se puede deber un problema con la absorción. Si tenemos una gastritis crónica atrófica o debido a una resección de estómago, se produce un déficit de secreción de un factor que es necesario para la absorción de la vitamina. También en caso de alteración de la flora intestinal o infección bacteriana intestinal. Se absorbe en el íleon, entonces cuando se ha hecho una resección de este por cualquier motivo también hay problemas para la absorción de la vitamina, y si se reseca la válvula ileocecal pasan bacterias del intestino grueso y tenemos un sobrecrecimiento bacteriano en el intestino delgado.